Gracias a la calidad de las publicaciones del Departamento Editorial del Instituto de Investigaciones Bibliográficas, varios libros y colecciones han sido acreedores a premios de talla nacional e internacional que reconocen la excelencia en la producción editorial.
En los últimos años, las siguientes obras han sido condecoradas con el Premio Antonio García Cubas: Bienes comunes: 150 años de la Biblioteca Nacional de México en 150 objetos, coordinado por Pablo Mora, fue reconocido con una mención honorífica como Obra de Divulgación (2018); El libro flamenco para lectores novohispanos. Una historia internacional de comercio y consumo libresco, de César Manrique Figueroa, resultó ganador en la categoría Obra Científica (2019); Architectura Mechanica. La profesión y el oficio, de Xavier Cortés Rocha, coeditado con la Facultad de Arquitectura de la UNAM, recibió el premio en la categoría Edición Facsimilar (2020); Urbi et orbi et ex nihilo: Manual de latín básico, de Laurette Godinas y Andrés Íñigo Silva, fue ganador en la categoría Libro de Texto Escolar (2021); el Diccionario otomí anónimo de la Biblioteca Nacional de México, de Doris Bartholomew y Yolanda Lastra, coeditado por dos entidades de la UNAM y tres externas, obtuvo el premio en la categoría Edición Facsimilar (2022). De la misma manera, Los Preciados. Una novela de costumbres mexicanas de siglo XIX y Los raros y los otros (autores y ediciones), ambos editados por Pablo Mora, fueron distinguidos con mención honorífica en la categoría Divulgación (2022) y en la de Obra Científica (2023), respectivamente. Estos premios son otorgados por el Instituto Nacional de Antropología e Historia para reconocer los mejores libros vinculados con la historia y la antropología, así como la labor editorial vertida en ellos.
Asimismo, las obras A cien años de la muerte de Antonio Vanegas Arroyo (1852-1917). Los impresos populares iberoamericanos y sus editores, edición de Miguel Ángel Castro y Mariana Masera, coeditado por la Unidad de Investigación sobre Representaciones Culturales y Sociales (UDIR, UNAM), y Los raros y los otros (autores y ediciones), edición de Pablo Mora, al igual que la revista arbitrada Bibliographica, recibieron el Premio Caniem al Arte Editorial en las categorías Arte: Ensayos y Estudios (2022 y 2023) y Científicas - Académicas (Indexadas) (2021), respectivamente. Estas preseas se otorgan a los editores de libros y publicaciones periódicas que destaquen por su calidad tipográfica, diseño e ilustración, formato, cuidado de la edición, limpieza y buen estilo.
Por último, la colección Biblioteca de Chapulín, un clásico de la literatura infantil y juvenil mexicana que consiste en la edición facsimilar de una serie de obras publicadas en la década de 1940 por la Secretaría de Educación Pública, coeditada con la Dirección General de Publicaciones y Fomento Editorial de la UNAM, ganó en 2022 el Premio Caniem al Arte Editorial en la categoría de Libros Infantiles; y en 2023 obtuvo el reconocimiento del Premio Fundación Cuatrogatos, además del galardón del Banco del Libro (Caracas, Venezuela) en su edición XLIII de Los Mejores Libros para Niños y Jóvenes, en la categoría Infantil, apartado Rescate Editorial.